Sobresalen las pinturas de Alonso Berruguete, Juan de Flandes y Zurbarán, diversas esculturas románicas de los siglos XII y XIII y las tallas de Alejo de Vahía. A estas piezas, se suman multitud de obras de grandes maestros de la pintura, la escultura, la arqueología religiosa o los tejidos. Especial interés tiene la sección que el Museo destina a la orfebrería, en la que destacan cruces procesionales medievales y renacentistas. También destacan los apartados dedicados a la relojería, los ornamentos y los libros corales. La muestra se completa con calvarios, pilas bautismales románicas, tallas y grupos escultóricos medievales.
